MTsN 24 Jakarta Timur Kampus B dibangun pada tahun 2009. Madrasah setingkat SMP ini terletak di Jl. Terusan I Gusti Ngurahrai Kel. Pondok Kopi Kec. Duren Sawit Jakarta Timur. Madrasah ini merupakan Kelas Jauh (Filial) dari MTsN 24 Jakarta Timur yang terletak di Jl. Marzuki VII Kel. Penggilingan Kec. Cakung Jakarta Timur.

Opersioanal  MTS Negeri 24 Jakarta Timur Kampus B ini didasarkan pada BAST Nomor : KW.09.4/1/KS.01.2/13435a/2009 tgl 29 Des 2009 bahwa diserahterimakan gedung MTsN Pondok Kopi oleh Ka Kanwil Kemenag DKI kepada Kepala MTsN 24 Jakarta. Selain BAST tersebut juga diterbitkan SK Nomor : KW.09.1/1/HK.00.5/1449/2009 tentang penunjukan pemanfaatan dan penggunaan gedung MTs Pondok Kopi Jakarta Timur untuk pengembangan MTsN 24 Penggilingan Jakarta Timur.

Pejabat kepala madrasah MTsN 24 Jakarta saat itu adalah Drs. H. Suhairi.  MTs N 24 Jakarta Timur Gedung B menempati area seluas 1.740 meter persegi, satu area dengan Kantor Kementerian Agama Kota Jakarta Timur. MTs ini  awalnya hanya sebuah gedung belajar mengajar sebanyak empat lantai yang memiliki 12 ruang belajar.

Pada masa kepemimpinan Drs. Suhairi inilah MTs Pondok Kopi berdiri, yakni tahun 2009. Dan masih di tahun yang sama pejabat kepala madrasah MTsN 24 beralih dari H Suharini kepada Drs. H. Muhadjirin, M.Pd. Pada masa kepala madrasah H. Muhadjirin, M.Pd  inilah penerimaan siswa baru MTsN 24 Kampus B dimulai, yakni  pada tahun Pelajaran 2010/2011 dan  menerima  3 kelas siswa baru.

Pada tahun 2013 kepemimpinan MTsN 24 Jakarta berganti lagi. Kali ini bertindak sebagai kepala madrasah adalah Dra. Mulyaningsih, yang menjabat dari tahun 2013 – 2019. Pada tahun 2015  dibawah kepemimpinan Dra. Mulyaningsih, MTs Negeri 24 Jakarta Timur Kampus B mendapatkan proyek (rupiah murni) pendirian asrama yang ditempatkan di Kampus B. Maka sejak tahun pelajaran 2016/2017 Kampus B mulai menerima siswa/santri yang mukim di asrama (saat itu baru 1 lantai).

Maka sejak saat itulah MTsN 24 Jakarta Kampus B dikenal sebagai madrasah berasrama (boarding school). Atas kerjasama yang baik dengan komite, asrama yang awalnya hanya satu lantai dapat dikembangkan dan dibangun hingga 3 lantai.

Sistem pendidikan berasrama didasarkan atas pertimbangan untuk mencapai tujuan pendidikan yang lebih utuh dalam mengembangkan aspek sikap, aspek pengetahuan dan aspek keterampilan peserta didik sehingga menghasilkan lulusan yang unggul dalam pola pikir serta berkepribadian mulia. Pendidikan dengan sistem berasrama dapat menerapkan program pendidikan yang komprehensif-holistik mencakup keagamaan, pengembangan akademik, life skills (soft skills dan hard skills), serta wawasan kebangsan dan global.

Pada tahun 2019 Kamad MTsN 24, Dra. Mulyaningsih berjibaku mengajukan proyek SBSN asrama guna menunjang pengembangan madrasah berasrama yang sudah ada. Proyek tersebut baru dapat diwujudkan pada tahun 2020, di mana pada saat itu Dra. Mulyaningsih dipindahtugaskan ke MTsN 20 Jakarta. Sebagai penggantinya adalah Drs. Asifudin, M.Pd.I. yang sebelumnya menjabat kepala MTsN 23 Jakarta Selatan.

Pada tahun 2020 proyek asrama santri bersumber dari SBSN dapat diwujudkan. Dengan demikian sejak tahun 2020 fasilitas asrama MTsN 24 Jakarta Kampus B menjadi semakin bertambah. Pada tahun 2020 di awal tahun juga dibangun ruang kelas atas kerja sama madrasah dan komite. Pada tahun 2021 dibangunlah fasilitas baru lagi yakni rumah dinas  pengasuh asrama, serta ruang guru.

Pada tahun 2023 kerja sama madrasah dengan komite semakin erat dan berhasil membangun gedung asrama yang dilengkapi dengan dapur, dan ruang makan. Dengan demikian pada tahun pelajaran 2023/2024 susunan rombongan belajar menjadi standar.  Kelas 7 boarding 3 kelas, kelas 7 reguler (exelent) 2 kelas. Demikian pula kelas 8 dan 9. 

Dengan demikian MTs Negeri 24 Jakarta Timur gedung B memiliki ruang kelas sebanyak 15 kelas. Masing-masing kelas 7, 8, dan 9 ada 5 kelas. Selain itu ada ruang Kepala Madrasah, ruang Wakil Kepala Madrasah, ruang PTSP dan Tata Usaha, Ruang Guru, Perpustakaan, UKS, Kantin, Aula, Gedung Asrama Santri, Pos Satpam, lapangan olah raga serta parkir mobil dan motor.